Así mismo es el país andino con más plantas vasculares amenazadas a pesar de tener menos especies nativas. Susana León botánica del herbario de la Universidad Católica del Ecuador (PUCE)y autora del Libro Rojo de las Plantas Endémicas del Ecuador (2012), explica que el país puede encabezar la lista con más especies de plantas amenazadas porque es el país con más información sobre sus plantas. Al inicio del nuevo milenio el Ecuador fue el primer país de América Latina que publicó un libro que analiza el estado de conservación de la flora endémica.
La amenaza principal para todas la vegetación ecuatoriana es la deforestación, asegura Hugo Navarrete, coautor del Libro y botánico de la PUCE. De acuerdo al Ministerio del Ambiente al año se talan 47 000 ha. de bosque.
